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肛裂常发于肛门后、前正中，以肛门后部居多，两侧的较少。初起仅在肛管皮肤上有一小裂口，有时可裂到皮下组织或直至括约肌浅层，裂口呈线形或棱形，如将肛门张开，裂口的创面即成圆形或椭圆形。
长期大便秘结的病人，因粪块干而硬，便时用力过猛，排出时裂伤肛管皮肤，反复损伤使裂伤深及全层皮肤。肛管后正中部皮肤较固定，直肠末端位置由后方向前弯曲，因此肛门后方承受的压力较大由此导致肛裂。
解剖上的缺陷学说：
肛裂多发生于肛门后位，主要是由于外括约肌浅层在肛管前后方各形成“Y”形薄弱区，耻骨直肠肌又加强肛管两侧的力量。因此肛门后部及前部不如两侧坚强。肛管向下后与直肠后壁形成一角度。排便时，干燥的粪便对肛门后方薄弱区的压力最大，又因肛管之后中线血运差，弹力较少，故造成肛门后方易受伤撕裂。这就是肛裂裂口的位置常发生于后方的原因。
感染学说：
肛管上端齿线处的特殊结构如肛窦、肛门瓣、肛乳头、肛腺等，容易被干硬的粪团下移时所损伤，使局部产生感染和炎症，或导致肛腺阻塞化脓，溃破后形成肛裂，由于局部炎症刺激，括约肌痉挛，血液供应不足，伤口久不愈合，形成慢性溃疡。
括约肌痉挛学说：
肛门外括约肌皮下部由于病理性因素，纤维化而失去柔软的特性，在肛门外括约肌浅层“Y”形薄弱区下端形成无弹性的横闸，当干硬粪团通过肛管时，此薄弱区容易破裂而出现裂口，裂口久不愈合形成慢性溃疡。
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