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直肠阴道瘘临床分类通常根据病因，位置，瘘口大小来分类。根据瘘口在直肠阴道侧的位置,可分别分为低、中、高位。
直肠阴道瘘位置分类根据瘘口大小，把瘘口直径<2.5cm称为小瘘,直径>2.5cm称为大瘘。
国际上常用的分类是结合病因、大小、位置将直肠阴道瘘分为单纯性瘘和复杂性瘘,即直径<2.5cm，低中位瘘，由创伤或感染引起者为单纯性瘘；直径>2.5cm，高位瘘，由炎性肠病、放疗、肿瘤引起以及多次修补失败者为复杂性瘘。
近年来腹腔镜的推广打破了以上分类的界限。部分学者认为,那些瘘口比较小的、可首选腹腔镜下修补的高位瘘，也可以视其为“单纯型”。
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